Patogenesis menyelidiki perkembangan penyakit dan rantai peristiwa yang berkaitan dengannya, yang langkah demi langkah menentukan perubahan morfo-fungsi sel dan tisu milik organ yang terjejas. Perubahan ini boleh disebabkan oleh agen kimia, fizikal, atau biologi (virus, bakteria, dll.).
Oleh itu, kita dapat mendefinisikan patogenesis sebagai mekanisme di mana agen etiologi (agen penyebab, misalnya bakteria atau radiasi) menentukan penyakit. Bukan kebetulan bahawa istilah patogenesis berasal dari penyatuan kata-kata Yunani patos, "penyakit", e genesis, "ciptaan".
Walaupun etiologi menentukan penyebabnya, patogenesis mengkaji akibatnya.
Oleh itu, dalam membaca teks perubatan kita dapat menjumpai istilah seperti: patogenesis mikroba, patogenesis keradangan, patogenesis virus, patogenesis malignan (kecenderungan penyakit, biasanya tumor, semakin memburuk sehingga menjadi berpotensi mematikan). Banyak penyakit mengenali faktor penyebab berlainan (etiologi multifaktorial) dan lebih banyak lagi penyakit yang dicirikan oleh mekanisme evolusi yang berbeza (pelbagai patogenesis).