Bau najis dikaitkan terutamanya dengan proses pembusukan yang mempengaruhi asid amino yang keluar dari penyerapan usus. Nutrien ini sebenarnya dipintas oleh bakteria usus besar, menjalani proses dekarboksilasi yang menghasilkan amina toksik berikut:
arginine → agmatine
sistin dan sistein → mercaptan
histidin → histamin
lisin → cadaverine
ornithine → putrescine
tirosin → tiratina
tryptophan → indole dan skatole
Sebilangan besar bahan ini memberi bau najis yang tidak menyenangkan. Najis menjadi tidak berbau bahkan ketika berada dalam usus untuk waktu yang lama, begitu juga dengan kes malabsorpsi yang disebutkan di atas (penyakit seliak, kekurangan pankreas, jangkitan usus, penyakit Crohn, kolitis ulseratif, sindrom usus pendek, fibrosis kistik, hati) penyakit dan penyakit saluran empedu dan gastrik disertai dengan hipoklorhidria). Apabila penyerapan adalah terutamanya protein, bau najis terasa mual, sementara bau najis menjadi tajam dan menembus ketika sejumlah besar gula dan pati yang tidak diserap atau dicerna dengan teruk tiba di usus besar, kemudian diperam oleh flora tempatan dengan penghasilan asid lemak mudah menguap .
Cirit-birit dan najis vegetarian kurang berbau.
Kotoran dengan bau ikan atau sperma adalah ciri khas dari disentri bacillary, kolera dan pada umumnya lendir.
Ringkasnya, bau najis dipengaruhi oleh tabiat makan (jumlah protein, makanan beraroma seperti bawang putih atau bawang, dll.), Oleh flora bakteria usus, oleh keadaan kesihatan dan oleh tabiat tertentu (seperti merokok atau mengunyah tembakau). Secara amnya, penggunaan makanan kecil dan seimbang, tanpa mengaitkan sejumlah besar makanan "tidak sesuai" (lihat diet yang terpisah), membantu mengoptimumkan proses pencernaan, mengurangkan kejadian gangguan seperti meteorisme dan perut kembung, dan memberi najis bau sui generis.
Mana-mana kes di mana bau najis disertai dengan gejala seperti najis hitam, berwarna najis atau pucat, kehadiran darah yang sama, demam, menggigil, kekejangan perut yang teruk, kehadiran lendir yang banyak di dalam najis dan penurunan berat badan.
